Сыр Кефалотири производится из пастеризованного молока. Во время пастеризации молоко нагревают до 72-75 ° C в течение 20 секунд. Это убивает болезнетворные бактерии, а также сберегает и улучшает однородность зрелого сыра. Молоко нагревают до 30 ° С, к которому добавляет сычужный фермент. Его извлекают из желудков телят и коров. Он содержит энзим Химозин, который свертывает белок, придавая творогу гладкую текстуру. Этот метод используется в течение сотен лет. До 100 литров молока добавляется около 30 мл сычужного фермента. Это дает около 10 кг сыра и 90 литров сыворотки. Большинство Химозина удаляется с сывороткой.

Как только сыр свернулся, производитель сыра снимает твердую сырную массу, которая поднялась на поверхность в больших чанах. Следующим шагом в этом процессе является так называемый "Breaking Up" или этап нарезки. Для изготовления Кефалотири (твердого сыра) используют специальное оборудование для того, чтобы разбить собранную с поверхности сырную массу на мелкие кусочки и потом нагревают ее, постоянно помешивая, таким образом, чтобы влажные кусочки (от размера риса до размера лесного ореха) не образовывали твердой цельной массы. Целью этой части процесса является максимальный отжим жидкости из мелких кусочков сырной массы. Сырную массу постоянно перемешивают, чтобы максимально отжать жидкость, дабы тяжелые кусочки сыра на падали на дно чана. Как только творожная масса кусочками выпала на дно чана, она выбирается из чана в специальное полотно «цантилу» чтобы профильтровать и отжать творожную массу от сыворотки.

Сразу после того как сыр достали из цистерны, для придачи формы творожную массу прессуют в специальных контейнерах. Оставаясь в этих формах творожная масса прессуется деревянными прессами для максимального удаления влаги. Охлажденный Кефалотири достают из форм и солят.

После завершения процесса соления, сыры Кефалотири перемещают в сухие для отверждения помещения. На данном этапе, завершены основные процессы брожения, которые дают вкус и аромат сыра. Это происходит в заготовительных помещениях при контролируемой температуре и влажности. Температура здесь составляет 15 - 18°С. Такой сир как Кефалотири лучше хранить при влажности 80 - 85%. Для развития вкуса процесс брожения занимает много времени. Полный настоящий вкус Кефалотири приобретает на протяжении двух-трех месяцев.

Сыр Кефалотири покрывают слоем парафина или воска. Это применяется, чтобы защитить сыр от высыхания, покрытия плесенью и другими загрязняющими веществами с окружающей среды. Сыр Кефалотири сохраняет свою стойкость при хранении его при низкой температуре в холодильнике.