Сиренето кефалотири се прави от пастьоризирано мляко. По време на пастьоризацията млякото се загрява за 20 секунди при температура 72-75˚С. Това унищожава вредните бактерии и подобрява безопасността и неизменяемостта на зрялото сирене. Към затопленото на 30 градуса мляко се добавя мая. Тя е извлечена от стомасите на телета и крави и съдържа ензим наречен химозин, който кара млечните протеини да се пресекат давайки хомогенност на подсирката. Този метод се използва от векове. Около 30 мл. мая се слагат на 100 литра мляко. Това дава 10 кг. сирене и 90 литра суроватка. По-голямото количество химозин се отстранява със суроватката.

След като се подсири, сиренината, надигнала се на повърхността на големи вани, се изважда. Следващата стъпка в процеса е т. нар. „разтрошаване” или нарязване. За да стане кефалотири твърдо сирене, се използват специални прибори за сирене, които раздробяват получената сиренина на малки парчета. След това тя се загрява, бърка се постоянно, така че влажните бучки (на размер от житно зърно до големина на лешник) да не образуват плътна маса. В тази част от процеса целта е да се извлече възможно най-много вода от малките парчета сиренина. Тя се разбърква и обработва постоянно като през това време парчетата сиренина изхвърлят водното си съдържание, стават все по-твърди и по-твърди и потъват на дъното на ваната. След това се изцеждат от ваната в ленен тензух, наречен „цандила”, който служи за филтър, през който се прецежда суроватката и се задържа сиренината.

Извадената от ваната сиренина се пресова в специални съдове, които й придават форма. Сиренината остава в тези форми и се пресова с дървени преси, които извличат възможно най-много влага. След като се охлади, сиренето кефалотири се изважда от формите и се осолява.

Осоляването има три цели:

1. Да запазва трайно сиренето кефалотири.
2. Дава на кефалотири завършен вкус и
3. Подпомага втвърдяването на кефалотири.

 
След като осоляването приключи, кефалотири се пренася сухо в помещения за съхранение. В тази фаза приключват основните процеси на ферментация, които дават на сиренето вкус и аромат. Това става в помещенията при контролирани температура и влажност. Температурата е 15-18˚С за сирена като кефалотири, а най-добрата влажност е около 80-85%. Процесът на ферментация отнема време, за да може сиренето да добие нужния вкус. Кефалотири отлежава от 2 до 3 месеца.

Преди сиренето да напусне мандрата, се нанася слой парафин или восък, който предпазва сиренето от изсъхване и замърсяване. Кефалотири е дълготрайно и най-добре се съхранява при ниска температура в хладилник.