Η παραγωγή του Κεφαλοτυριού γίνεται από παστεριωμένο γάλα. Κατά την παστερίωση το γάλα θερμαίνεται στους 72 με 75 βαθμούς Κελσίου για 20 δευτερόλεπτα. Με αυτή την διαδικασία τα παθογόνα βακτήρια σκοτώνονται και βελτιώνεται η ασφάλεια και η ομοιομορφία του ώριμου τυριού. Κατόπιν το γάλα θερμαίνεται στους 30 βαθμούς Κελσίου όπου προστίθεται η πυτιά. Η πυτιά παράγεται από στομάχια μικρών μοσχαριών και αγελάδων και περιέχει το ένζυμο χυμοσίνης, το οποίο βοηθά την πρωτεΐνη στο γάλα να πήξει, δίνοντας στο τυρί την λεία του υφή. Αυτή η τεχνική χρησιμοποιείται εδώ και εκατοντάδες χρόνια. Προστίθεται περίπου 30 ml πυτιάς σε κάθε 100 λίτρα γάλα. Αυτό το μίγμα μας δίνει περίπου 10 κιλά τυριού και 90 λίτρα νορού. Το μεγαλύτερο ποσοστό της χυμοσίνης αφαιρείται με τον νορό.

Όταν το τυρί έχει πήξει, ο τυροκόμος αφαιρεί τις μάζες του πηγμένου γάλακτος τα οποία βγήκαν στην επιφάνεια του καζανιού. Το επόμενο βήμα ονομάζεται το στάδιο ‘’σπασίματος’’ ή κοψίματος. Για να παραχθεί το Κεφαλοτύρι (σκληρό τυρί), χρησιμοποιούνται ειδικά σκεύη για να κοπούν οι μικρές μάζες του πηγμένου γάλακτος σε πολύ μικρά κομματάκια και θερμαίνονται αναδεύοντας συνεχόμενα, ούτως ώστε οι υγροί σβώλοι τυριού (οι οποίοι διαφέρουν στο μέγεθος ορισμένοι είναι σε μέγεθος κόκκου και άλλοι σε μέγεθος φουντουκιού) να μην δημιουργηθεί μια στερεή μάζα. Ο στόχος αυτής της διαδικασίας είναι να αφαιρεθεί όσο το δυνατό περισσότερο νερό από τους μικρούς σβόλους. Οι σβόλοι αναδεύονται συνεχόμενα και δουλεύονται ώστε σε μια περίοδο χρόνου να αποβάλουν όσο πιο πολύ νερό γίνεται, όσο αυτό συμβαίνει οι σβώλοι γίνονται πιο βαρετοί και βυθίζονται στο πάτο του καζανιού. Όταν όλοι οι σβώλοι βυθιστούν, η μάζα που δημιουργείται από αυτούς αφαιρείται από το καζάνι και τοποθετείται στην ‘’τσαντίλα’’ , ύφασμα φτιαγμένο από λινό το οποίο λειτουργά ως στραγγιστήρι με φίλτρο για στράγγιση του νορού από το πυγμένο τυρί μας το οποίο συγκρατείται μέσα στο ύφασμα.

Με τη αφαίρεση του από το καζάνι το τυρί τοποθετείται σε ειδικά δοχεία τα οποία θα του δώσουν το σχήμα του. Το τυρί αφήνεται σε αυτά τα καλούπια στα οποία τοποθετούνται ειδικές ξύλινες πρέσες για όσο το δυνατό καλύτερης στράγγισης από την υγρασία. Όταν πλέον το τυρί μας έχει κρυώσει αφαιρείται από τα καλούπια και αλατίζεται.

Το αλάτισμα εξυπηρετεί τρείς σκοπούς:
  
1. Διατηρεί το Κεφαλοτύρι,
2. Βοηθά το Κεφαλοτύρι να πάρει την τελική του γεύση, και
3. Από το Κεφαλοτύρι με την πρόσθεση αλατιού αποστραγγίζεται ακόμα περισσότερη ποσότητα νορού κάνοντας το πιο σκληρό.

Με την ολοκλήρωση της διαδικασίας αλατίσματος, το Κεφαλοτύρι μεταφέρεται στα ωριμαντήρια. Σε αυτό το στάδιο οι κύριες διαδικασίες ζύμωσης ολοκληρώνονται οι οποίες θα δώσουν στο τυρί την γεύση και το άρωμα. Τα ωριμαντήρια έχουν ελεγχόμενες συνθήκες θερμοκρασίας και υγρασίας. Η θερμοκρασία ορίζεται στους 15 με 18 βαθμούς Κελσίου για σκληρά τυριά όπως το Κεφαλοτύρι και η υγρασία στο 80 με 85 %. Η διαδικασία ωρίμανσης του τυριού παίρνει αρκετό χρόνο ούτως ώστε το τυρί να πάρει τις γεύσεις του. Το Κεφαλοτύρι για να ολοκληρωθεί η διαδικασία ωρίμανσης του χρειάζεται μεταξύ δύο και τριών μηνών.

Το Κεφαλοτύρι καλύπτεται με μια στρώση παραφίνης ή κεριού πριν φύγει από το γαλακτοκομείο προς κατανάλωση, αυτό προστατεύει το τυρί από να ξεραθεί, από μούχλες και επιμολύνσεις που βρίσκονται στο περιβάλλον. Το κεφαλοτύρι έχει μεγάλη διάρκεια ζωής και είναι καλύτερα να φυλάγεται σε χαμηλές θερμοκρασίες ψυγείου.